מכינת מיתרים-לכיש נותנת אפשרות לבוגרי התיכון לדחות את גיוסם לצה”ל ולהקדיש שנה ללימוד, תצפית והכנה לשירות צבאי. התכנית מתמקדת בשילוב של עבודת אדמה, עבודה סוציאלית והתפתחות אישית. לבית הספר שלושה קמפוסים הממוקמים בחבל לכיש וברצועת עזה. קמפוס עזה הוקם לאחר מבצע צוק איתן לבקשת תושבי המקום.
המכינה שמה לה למטרה לטפח אינטלקטואלים אחראיים חברתית הנמצאים בקשר עם העולם האמיתי. הגישה החינוכית שמה דגש על צמיחה אישית הדרגתית, סבלנות, אמון והבהרה עצמית באמצעות כבוד, אהבה ואמפתיה. תכנית הלימודים שמה דגש על חשיבה ביקורתית, לימוד אינטלקטואלי, רגישות וקשב. תהליך הלמידה משמח ומטרתו לפתח תחושת אינטימיות עם המקורות. בית המדרש היוצר של בית הספר משלב מסורת וחדשנות, תרבויות יהודיות ועולמיות והקשבה פנימית ודינמיקה קבוצתית. בנוסף ללימוד התיאורטי, תכנית הלימודים מעודדת ביטוי יצירתי ואמנותי.
בית הספר מטפח דיאלוג פתוח ומאפשר פיתוח שפה תרבותית משותפת. מטרתו לסייע לתלמידים לעצב זהות יהודית-ישראלית-ציונית באמצעות התנסות, היכרות והעמקה של העולם היהודי, החברה הישראלית ומדינת ישראל. מיקומו של בית הספר באזורים כפריים מאפשר קשר הדוק עם הטבע וחיבור לנוף ישראל. עבודה חקלאית וחפירות ארכיאולוגיות מספקות הזדמנויות להתבוננות אישית וקבוצתית ולבחינה של מקומו של האדם ביחס לטבע.
מכינת מיתרים-לכיש מכשירה את התלמידים לשירות הצבאי ומשרה תחושת שליחות ומוטיבציה. תכנית הלימודים מעודדת עשייה חברתית ועוסקת בנושאים ערכיים באמצעות דיאלוג עם בעיות עכשוויות. בית הספר מאמין שניתן להצמיח התחדשות יהודית אמיתית באמצעות המפגש בין אדם לאדם, המפגש בין האדם והארץ והמפגש בין עבר, הווה ועתיד. בית הספר שם לו למטרה לייצר בוגרים חדורי ערכים ותחושת שליחות.