תיעוד הראשון של איי גלפגוס ה היה מקרי לחלוטין, והתרחש בשנת 1535, כאשר פריי טומאס דה ברלנגה, הבישוף של פנמה, נתקל באדמה שלא התגלתה בזמן במסע לפרו כדי לתווך בסכסוך בין פרנסיסקו פיזארו ודייגו דה אלמגרו.
ברלנגה חזר בסופו של דבר לאימפריה הספרדית ותיאר את תנאי האיים והחיות ששכנו שם.
קבוצת האיים צוירה ונקראה "Insulae de los Galopegos" (איי הצבים) במפתו של אברהם אורטליוס "America Sive Novi Orbis" שפורסמה בשנת 1570.
המפה הגסה הראשונה של האיים נוצרה ב-1684 על ידי הפיראט אמברוז קאולי, שקרא לכל אי על שם כמה מחבריו הפיראטים או על שם האצולה והמלוכה האנגלית. שמות אלה שימשו במפות הניווט הסמכותיות של האיים שנוצרו במהלך סקר הביגל תחת קפטן רוברט פיצרוי, ובספרו הנודע של דרווין "מסע הביגל". הרפובליקה העצמאית החדשה של אקוודור לקחה את הבעלות על האיים מספרד ב-1832, ולאחר מכן נתנה להם שמות ספרדיים חדשים.
השמות הקודמים המשיכו לשמש בפרסומים בשפה האנגלית, כולל האנקנטדה של הרמן מלוויל משנת 1854. מבחינת מינהל, גלפגוס הוא אחד ממחוזות אקוודור, המורכב משלושה קנטונים הנקראים על שם האיים המאוכלסים ביותר , כלומר: סן קריסטובל, סנטה קרוז ואיזבלה.
היווצרות ארכיפל איי גלפגוס
איי גלפגוס עוצבו על ידי פעילות וולקנית במשך למעלה מ-20 מיליון שנה, כאשר פלומת המעטפת מתחת ללוח נסקה הנעה מזרחה נחשבת אחראית להופעתה של פלטפורמה בעובי 3 קילומטרים מתחת לשרשרת האיים והרי הים. מלבד ארכיפלג גלפגוס, מאפיינים טקטוניים חשובים נוספים באזור כוללים את המחוז הוולקני של צפון גלפגוס הממוקם בין הארכיפלג למרכז ההתפשטות של גלפגוס (GSC) שנמצא כ-200 ק"מ צפונה בגבול לוח נסקה ולוח קוקוס.
מרכז התפשטות זה מסתיים במזרח האוקיינוס השקט במערב והוא תחום על ידי רכס קוקוס ורכס קרנגי במזרח. הנקודה החמה של גלפגוס ממוקמת גם בקצה הצפוני של מחוז פסיפיק Large Low Shear Velocity, בעוד שנקודת הפסחא נמצאת בקצה הדרומי.