את המוזיאון הקים בשנת 1958 אמנון אסף, חבר קיבוץ מעיין ברוך.

תחילתו עם הקמת הקיבוץ, כאשר התבקש אמנון לסקל את אבני השדה לטובת החריש. הוא מצא מס' אבנים שלטעמו (ללא השכלה מוקדמת) היו ייחודיות ושמר אותן. לאחר שהתייעץ עם ארכיאולוגים שאישור את ייחודן, החלו יחסים מקצועיים בינו ובין הארכאולוגים שפעלו בסביבה שהביאו להקמת המוזיאון.

התקופה הפרהיסטורית מתייחסת לתקופה שלפני הופעת הכתב, בין 5500 ל 6000 לפנה"ס וביתר פירוט, בתקופת האבן. מאחר והיסטוריה כתובה אינה קיימת, אנו עוסקים במעין ניחושים.

עיקר הסימוכין מגיעים ממקורות אתנוגרפיים, המסייעים לנו להבין את התקופה הזו – באמצעות תרבויות שבטיות באפריקה ובפפואה ניו גינאה שקיימות עד היום ללא פלסטיק זכוכית או חימר.

התבוננות בתרבויות הללו מספק לנו כלים להבנת אורח החיים של האדם בעבר.

התגליות שאנו מוצאים בחפירות הן בדרך כלל של חומרים אנאורגניים שהן היחידים ששורדים לאורך הזמן – אבנים, לעיתים עצמות ועוד. עצים, זרדים, עורות – לא שורדים.

האתר בגשר בנות יעקב – בגשר בנות יעקב התבצעה חפירה ארכאולוגית באתר מיוחד, שהיה שקוע מתחת למים מאות אלפי שנים ומכאן ייחודו – המים משמרים פריטים ארכאולוגים. האתר מתוארך כבן 780,000 שנה.

באתר נמצאו אבני יד, משני סוגים – צור ובזלת. אבן צור נוחה יותר לסיתות ועבודה מעצם היותה "פציחה" יותר. האבנים שימשו ככל הנראה את ההומו-ארקטוס, האדם הזקוף. אבני היד שימשו לעיבוד עורות, בשר, ציד ועוצבו כך שיתאימו לצורת היד.

נמצאו באזור עקבות – שיניים טוחנות, חטים, חוליית אטלס – של פילי ענק (סביב 10 טון, פיל אפריקאי שוקל כ – 6 טון) שהסתובבו כאן לצד האדם ואף ניצודו על ידו, לפי עדויות וסימנים על גולגלות פילים שנמצאו.

התפתחות האדם – האבולוציה מתפתחת גם לרוחב (מאדם לאדם) ולא רק לאורך (מאב לבן). ההתפתחות הייתה גם בחלקה חופפת, כלומר מינים שונים חיו באותה תקופה ולאו דווקא מין אחד נכחד ואז תפס את מקומו מין אחר.

במבט על גולגלת שימפנזה וגורילה נתין להבחין כי אנו הרבה יותר דומים לשימפנזה. "הכרבולת" בקצה הגולגולת של הגורילה מאפיינת הרביבורים – אוכלי עשב, מאחר והם נזקקים לשרירי לסת חזקים ללעיסת מזון. השימפנזה היא אומניבור – אוכלת כל, בדומה לאדם.

עם הזמן האדם למד לשלוט באש ולבשל בשר, וחווה את הקפיצה המשמעותית ביותר בהתפתחות המוח. זו הסיבה גם שלא נזקק לשיניים מפותחות, מאחר ובישל את מזונו.

האדם למעשה נוצר מהתפתחות השימפנזה, והמין הראשון הוא האוסטרלופיתקוס (שלד של נקבה ממין זה נמצא באפריקה, שמה לוסי) שהיה מעין מין ביניים, חוליה מקשרת בין האדם לקוף ובעל מוח יחסית קטן, בנפח 400 סמ"ק. הליכתו הייתה יחסית זקופה.

לאחר מכן, משערים האדם הראשון שהיה כאן נקרא הומו הביליס, מהמילה able – ומאחר ויכול היה לייצר כלים, דוגמת אבני ידיים, שהיו פחות מהוקצעות. נפח מוחו היה 700 סמ"ק.

לאחר מכן זהו ההומו ארקטוס, האדם הזקוף והראשון ששלט באש.

שני מינים מאוחרים יותר, דומים מאוד הם הניאנדרטל והסאפיינס-סאפיינס לו אנו שייכים. הניאנדרטל הוא האדם הראשון שאנו מוצאים באירופה.

בעבר סברו כי אלה היו שני מינים שונים וכי אנו התפתחנו מהסאפיינס, אך כיום משערים שהם היו מאותו מין, אך נראו שונה בדומה לשוני הגזעי כיום. הסברה היא כי ייתכן והסאפיינס שהיה חברתי וקהילתי יותר הכחיד את הניאנדרטל שהיה מתבודד. נפח מוחו של הניאנדרטל היה די דומה לשלנו.

אתר עינן – גם בעינן (למרגלות רכס רמים סמוך לראש פינה) נמצאו מס' שלדים מתקופת האפיפליאולית, שנוטים לייחסם לתרבות הנאטופית. הסברה היא כי בעינן נמצא "הבית" הראשון, או צורת ההתיישבות הראשונה של האדם. לתרבות הנאטופית מייחסים את הפסקת הנדודים ותחילת ההתיישבות. הבית היה עגול, עם רצפת זרדים ככל הנראה. את מתיהם הם קברו מתחת לבתים.

הקבורה היא מנהג חדש אצל האדם, שעד אז נפטר מהגופות לא בצורת קבורה והנאטופים ככל הנראה הם הראשונים להתחיל את פולחן המת, האבל ואולי אף מחשבה על אלוהות. הנאטופים גם ייצרו כלים מאוד גדולים, כבדים ולא ממש ניידים, מה שחיזק את התפיסה כי הם לא היו תרבות נודדת. את הנאטופים מאפיינות מחרוזות דנטליום (קונכיית שן הים, סוג של צדף בים התיכון או בים סוף). מחרוזת כזאת נמצאה על שלד אישה, כלומר שעל אף הקושי בייצור המחרוזות נקברו עם בעליהן. באתר נמצא שלד אישה ולידה קבור גור כלב או זאב, המצביע על הקשר מיוחד עם בע"ח עשרות אלפי שנים לפני המהפכה החקלאית.